不懂傳染病流行學
不懂基因演化樹分析的應用
現在又不懂尊重地方官員防疫的自主性
唉！
演化樹分析 在 陳宜民教授 Facebook 的最佳解答
同時也有1部Youtube影片，追蹤數超過1,790的網紅李基銘漢聲廣播電台-節目主持人-影音頻道，也在其Youtube影片中提到，本集主題： #銀翼飛行金屬雕塑展 #楊鎮遠專訪 若是陸世界已汙染使萬物無法存活，人類該往何處去？ 也許是天際，或許是深海。藝術家楊鎮遠發想近未來，人類將以科技主導演化，使人有了翅膀得以飛行、拓展生存場域，本次展出作品將以不銹鋼與金屬材質，演繹百年後科幻異世界。 出生於台中...
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演化樹分析 在 陳宜民教授 Facebook 的精選貼文
昨天在臉書上看到莊人祥的發言，關於比利時工程師可能在今年三月來台前就有失去嗅覺的症狀，依此推斷他可能早在進來臺灣前就已感染。身為一位病毒學家，又親身從事當年和平醫院解封後的全院流行病學調查的主持人，我覺得真的不可思議。我在莊的臉書上看到正反雙方的意見，也加入討論。建議應該要針對該案的病毒基因定序，並且利用親緣演化樹分析判斷該病毒株的來源，另外，也可以用病毒培養去確定是否仍具感染力。結果，莊發言人回覆我説，病毒已經在培養了。這只回答了一半，因為前者，也就是定序及畫演化樹只要三天就可以完成。對於他引導式的發言及避重就輕的回答，我並不滿意。況且，本來經過媒體廣泛報導，民眾已開始產生警覺，重新在公共場所戴上口罩，經過此一折騰，可能又開始鬆懈，防疫效果又變差了。
演化樹分析 在 國家衛生研究院-論壇 Facebook 的最佳貼文
➥新興傳染病，例如：SARS 和茲卡病毒感染症，為公共衛生上的重大議題。然而，如何產生這些新興傳染病的源頭，至今仍未清楚。
日前流行病學研究指出，造成這次蔓延全球新冠肺炎的源頭是武漢華南海鮮市場，本研究從一位在武漢華南海鮮市場工作並於2019年12月26日確診的病例，從其支氣管肺泡灌洗檢體中進行核酸定序，找出一種新型冠狀病毒 (2019-nCoV)，利用演化樹分析此病毒完整的基因體發現，此新型冠狀病毒基因序列與SARS-like冠狀病毒有89.1%的相似性，而且此種SARS-like冠狀病毒，先前也曾在中國的蝙蝠中發現。這次新冠肺炎疫情全球蔓延，突顯病毒具人畜共同傳染的能力並會導致人類嚴重疾病。
(中文摘要轉譯：「財團法人國家衛生研究院」蔡慧如博士整理)
📋 A New Coronavirus Associated With Human Respiratory Disease in China (2020/02/03)+中文摘要轉譯】
➥Author：Fan Wu, Su Zhao, Bin Yu, et al.
➥Link： ( Nature)
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3
#2019COVID19Academic
衛生福利部
疾病管制署 - 1922防疫達人
疾病管制署
國家衛生研究院-論壇
演化樹分析 在 李基銘漢聲廣播電台-節目主持人-影音頻道 Youtube 的精選貼文
本集主題： #銀翼飛行金屬雕塑展 #楊鎮遠專訪
若是陸世界已汙染使萬物無法存活，人類該往何處去？
也許是天際，或許是深海。藝術家楊鎮遠發想近未來，人類將以科技主導演化，使人有了翅膀得以飛行、拓展生存場域，本次展出作品將以不銹鋼與金屬材質，演繹百年後科幻異世界。
出生於台中市，排行老二的楊鎮遠，父親是一位機械技工；而母親是位樸實的家庭主婦，影響了他為人處世的態度以及美術的薰陶。童年沒什麼機會購買玩具的楊鎮遠，從國中開始自己動手製作手工玩具：以文具店常見的鐵絲為材、偷偷使用父親的機械工具，將鐵絲凹折成各種人型與動作，加上路邊撿到的免費現成品 - 充滿台味的皮帶鐵鍊、金屬十字架和骷髏頭，將之合成於自己的作品中，開啟了對於金屬加工的喜好與基礎。
到了大學就讀台藝大雕塑系的鎮遠，發展出鐵絲人偶的進階版，他將金屬雷切為人型，加上精細的配件：刀、弓、矛，把象棋和棋盤立體化，可謂東方版的西洋棋，尺寸有整個桌面的棋盤十分壯觀生動，彷彿人型將會於夜間開始活動。
藝術家楊鎮遠覺得自己個性執著、在創作與待人處事上十分有耐性。雕塑系分組時，從小與金屬便有淵源的鎮遠，想當然爾選擇了金屬造形為他的分組第一志願。進入金屬造形組後，對於創作很有自己的想法與期許，學校的金屬組的教學導向於意象與抽象性的、並且需配合上完整全面性的理論，在他表達出自己所想要創作的方向時，指導教授適時給予意見了，並且尊重於他的理念與思想，因此大學四年慢慢造就了這次展出的系列作品。
雖沒有各式商業玩具充斥童年，但電視卡通倒是沒有少看，可說是各類型皆有涉略，例如日本的海賊王，美國迪士尼的《亞特蘭提斯-失落的帝國》長篇動畫等更是能啟發他的想像力。說到DC美漫與日漫就侃侃而談的楊鎮遠，與筆者討論起2016年3月在台上映的電影《蝙蝠俠對超人：正義曙光》（英語：Batman v Superman: Dawn of Justice），分析起蝙蝠俠與超人的故事背景，以及雙方對立的原因。而另外一個影響楊鎮遠創作頗深的為日本動畫公司GAINAX出品的《新世紀福音戰士》；《新世紀福音戰士》想必為許多人的共同回憶，此部動畫描述在洪荒時代之後，因物理化學反應，地球上開始生長生命之樹，人類因『心的屏障』而產生隔閡，生命間冷漠而悲哀，孤寂充滿心靈，使得人類尋找新的生存之道。原創的歷史與神話發展出福音戰士的新世界。其中動畫劇情結合了許多元素：宗教（ex.諾亞方舟、基督教的使徒）以及機械、生物科技等，加以縝密的細節設定與充滿科幻的劇情發展，引發楊鎮遠對於人類的未來的想像，創造出飛行系列。
根據考古學家提出的研究，人類與其他動物的分化始於500至700萬年前，古代人的遺骸指出人類某些生活特徵是近期快速演化而來，例如人類的狩獵與採集生活大約於1萬1千多年前，轉變為農耕與生火熟食；同時生理構造也跟著改變。隨著生活型態與飲食，漸漸演化出現代人的外貌與身體構構造，例如隨著人類開始農耕，其後裔較容易產生較多的酵素利於分解食物中的澱粉。
西元1837年生物學家，查爾斯•達爾文(Charles Darwin)參與小獵犬號的五年航行後，回到英國倫敦便有了生物並非不變的想法，之後所提出的演化論思想更影響了人類對於自身物種的探索，更成為近代生物學的主流學說。
如果要想像，何不自己創造一個屬於自己的未來與世界？此次個展的主打系列作品-飛行系列，就是楊鎮遠對於未來世界的異想。
18世紀，人類第一次工業革命，蒸汽機被發明且應用於各式機械上：紡織機、蒸氣機車(蒸氣火車)，使技術發展史上的一次巨大變革，開創了以機器代替手工與人力勞動的時代，更造成社會的變革。19世紀中後期~20世紀初，有了第二次工業革命，蒸汽船、萊特兄弟發明飛機、愛迪生發明燈泡與留聲機等…都在此時期出現，便利了人類生活，同時開始高速生產、進入電力時代，強調速度與效率的時代來臨了!
當人們習慣了這些便利與高效，心態也隨之改變。楊鎮遠認為當未來人們的物質生活已進步至一個極致時，即便人類仍不斷地在演化中，或許人將不再滿足於當前的演化速度，開始藉由人工科技來增加或強化生物體的能力。把自身改造成賽博格，加快演化速度。(註：來自英文Cyborg，即為生化人或是機械化有機體)因此基因不再是人類演化的唯一條件。同時在未來世界，人類賴以為生的陸地有可能因為汙染嚴重而不再適合生物居住，比起飛到外太空，也許離開陸地往天空或是往海底發展是更有可能發生的事情。要如何在高空生存？在楊鎮遠腦中的演化日誌：人類將保有原本的形體，卻有著巨大的金屬翅翼，穿過平流層在空中飛行與自由行動，彌補人類發明的空中載具所缺乏的機動性。
此次展出作品以不鏽鋼為主材，輔以其它金屬作銜接或點綴。楊鎮遠之所以會選擇不鏽鋼，是因為其明亮光潔的表面材質帶有未來科技感，本身強烈的反光明暗對比、銳利的線條，也讓人類對未來的人類多了一層期許與想像。鎮遠的作品在造型上線條簡約，充份彰顯出堅韌材質的美感，他相信只要材質、造型配合能相得益彰，並且不間斷學習、進修，增加自身技能，終有一日將可應用於創作上。（文：金車文藝中心）
楊鎮遠簡歷：
2008 霧峰國中 美術班 畢業
2011 豐原高中 美術班 畢業
2011 就讀 國立台灣藝術大學 雕塑學系
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先附上這張演化樹!
問題是這樣的，因為自己是食品科學系，
目前在看paper時，發現對於演化樹概念了解不多，
紅色圈圈代表Bootsrap value ， 紅色長方框代表演化距離，
實際上 這兩個東西我查了一下資料，還是不太懂，
請問版上有沒有人可以跟我解釋一下~
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當他們關掉MegaUpload的時候， 我保持沉默；我還有FileSonic。
當他們關掉FileSonic的時候， 我保持沉默；我還有FileServe。
當他們關掉FileServe的時候， 我保持沉默；我還有MediaFire。
當他們關掉MediaFire的時候， 我保持沉默；我還有BT。
當他們關掉BT伺服器的時候， 我已一無所有了。
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◆ From: 140.120.104.161
感謝x 大!
※ 編輯: TW185930 來自: 114.46.210.46 (08/05 01:15)
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作者: TW185930 (吱吱) 看板: Biotech
標題: Re: [求救] 有關分子演化分析的樹狀圖
時間: Wed Aug 7 22:32:47 2013
感謝 george104 與我討論，我將他的回答整理如下，方便以後版友可以了解
============================以下是解釋=======================================
Bootstrap value 是一種統計上的數值
代表著若將一堆物種的同源基因片段拿去跑親緣關係樹
你看到親緣樹上有 A B 兩個物種被分在一起
但你怎麼確定這樣的分法是真的??
這時 Bootstrap value 就是告訴你這種分法的可信度是多少
他的方法是 (這段就看你要不要了解)
從一組數條同源序列的資料中 (假設這組序列整理完後長度是 300 bp)
隨機選取當中一排序列 (他是垂直選取喔,那種感覺就像是你拿一根吸管插進一塊蛋糕)
組成一組同樣長度 300 bp 的"假資料", 之後再用這組資料繪製一棵虛擬的親緣樹
再來看這棵虛擬樹上, A B 兩物種是不是也會在一起
重複做個幾百幾千次, 在統計這幾百幾千棵虛擬樹中, A B 兩物種還在一起的樹有幾棵
之後就變成你所看到的 Bootstrap value
再來關於你說的演化距離, 他代表 A B 兩物種關係的程度為何
看法是看親緣樹上的水平距離, 垂直距離是沒有意義的
你所框起來的那個部分, 你可以想像他是一條比例尺
用來表示水平距離的長度大小
============================以下為問答整理============================
另外我還問了 g大 一些問題 ，整理如下:
1. 你看 紅色圈圈 的Bootstrap value是88 (這應該是指百分比)，
而下面卻有一個100，為什麼會這樣呢?為何不是 88 及 12呢?
Ans: 因為每個分支的統計結果都是獨立的, 不能加減乘除
畫個示意圖給你看, 假設有 A B C D E 五個物種, 他們的關係為
88 ------A
------l
100 l ------B
---------l
l l
l l 90 ------C
l ------l
l ------D
l
l
----------------------E
由圖我們可以看到 A B 物種的關係很近, bootstrap value = 88
C D 兩物種的關係很近, bootstrap value = 90
那相對 E 物種來說, A B C D 四個物種關係是最近的, value = 100
其實親緣樹的建構是一層一層的, 如果你看樹有點吃力的話
建議當你在看整棵樹的時候, 可以把他想像成 A-B 合體物種與 C-D 合體種
他們的關係是很靠近的, 有 bootstrap value = 100 去支持
這代表, 不管你做多少組"假資料", 所繪製出來的虛擬樹都是呈現相同的結果
然後你在一層一層的解析下去, 你就知道這個親緣樹要告訴你什麼了
2. 我想知道 怎麼判斷 A跟 B 是 在同一分支上呢? 是看序列的相似性還是?
我的意思是指
-----A
---- |
-----B
Ans:
其實是看你所用的同源基因片段序列片段的相似性
相似性越高, 當程式在運算時就越有可能將他們分在一塊
3. 演化距離怎麼看?
Ans:
畫個示意圖給你看, 假設有 A B C D E 五個物種, 他們的關係為
88 ------A
------l
100 l ------B
---------l
l l
l l 90 ------C
l ------l
l ------D
l
l
----------------------E
0.1
假設 演化距離 是 |-----|
==> 假如我想知道 A C 兩物種的關係有多遠
那他的演化距離就是標紅色的線條(就是我所謂的水平距離)加起來的長度
==============================以下是附註==============================
另外，最近狂犬病很夯，而防檢局也使用了分子演化分析來比較不同地區狂犬病毒的
親緣關係，然後剛好看到有一篇文章也在介紹 分子演化樹(又稱系統發育樹)
文章在此 https://0rz.tw/jMBrJ
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