[2020大回顧 人類100年腸道微菌研究的里程碑(上)]
#Nature期刊嚴選
#王醫師補充
在過去100年以來的微生物研究，人類著重在研發藥物來「殺死」我們身上的微生物，將之一律視為「病原體」。
隨著抗微生物製劑跟藥物越來越多，人們發現新興的疾病也不減反增，感染性疾病下降了，但自體免疫跟代謝疾病跟癌症卻越來越多。我們延長了臥床的時間跟年紀卻沒有延長「健康餘命」，人們沒有隨著醫療科技而讓健康更甚以往。
人們開始回頭看看過去錯過了什麼，隨著1958年，一項使用糞便灌腸成功治療抗生素造成的偽膜性結腸炎研究，讓人類察覺我們身上正悄悄進行的生態浩劫，這些隨著糞便移植一起重回腸道的微生物們暗示了微生物生態系跟人類健康的關係。
接下來的這60年，人類的研究轉向如何「求助」微生物們，來拯救人類的問題跟疾病，微生物開始由黑轉白成為「救星」，為人類抗生素的濫用、飲食不當跟環境破壞造成的菌相失衡尋找解方。
#2006年出現大量研究強調了飲食對腸道菌群和人類宿主代謝及健康的關鍵影響，以及我們如何利用這些相互作用的知識來開發營養為導向的治療方法。
#2007年研究腸道菌功能的代謝體學、蛋白質體學跟轉錄技術蓬勃發展讓我們更了解它們的功能，全世界最大的醫學研究重鎮美國國家衛生研究院 (NIH)於同年發起研究“人類微菌計畫＂(Human Microbiome Project, HMP)，希望引領全球人類的微菌研究。
#2010年開始近十年是基因分析技術大躍進的時代，電腦軟體跟生物科技的進步讓我們能夠對於大量微生物組的基因數據定量定序跟分析，次世代定序技術 (NGS, Next Generation Sequencing) 、DNA層級的Metagenomics(宏觀基因體學或環境微生物菌相分析)與RNA級的Metatranscriptomics(還可以看環境中的RNA病毒)都讓我們更深入研究更微觀的生態系。
#2012年腸腦軸研究讓將腸道菌與飲食和精神疾病串聯起來，食物的微巨量營養素跟憂鬱躁鬱甚至是失智症都有緊密連結。
#2013年到2019年是免疫學及腫瘤治療跟腸道菌相關研究爆炸期，腸道菌及其代謝產物「短鏈脂肪酸」(microbiota-derived short-chain fatty acids)參與了免疫T細胞的作用和分化，所有自體免疫相關疾病包括第一型糖尿病(2018,Nature)、重症肌無力(2018,Scientific Reports)等等過去不明原因的抗體攻擊自身的疾病，也都發現不同於健康人的菌相失衡；而同一時段癌症治療的效果差異也被發現跟腸道菌有密切關聯，同時帶給我們自體免疫疾病跟癌症治療的新契機。
#2018至2019這兩年，我們從胎兒時期開始探究腸道菌最初形成的因素，注意到了細菌以外真菌跟病毒未知但關鍵的角色，我們擴及其他器官，除了大腸跟腦，其他如皮膚、心臟、腎臟、肝臟胰臟、小腸的疾病都跟微菌及其代謝產物有相關。非侵入性腸道微生物組數據分析開始被用作開發量身定制的診斷和監測腸道相關狀況的工具，讓我們更加了解腸道微生物在飲食及運動、藥物干預後的判讀。
#回顧過去十年，感謝科學之神讓人類跟我們身上最親密的微生物們化敵為友，賜給我們更進步的研究工具跟新觀點，2020年開始，我很確定，人類在接下來的100年，都會朝向以「腸道微生物為導向」的精準化醫療，搭配個人化的腸道基因分析，來預測、診斷及治療疾病，我稱之為「反璞歸真」的階段，人類本來就跟一草一木一樣是地球的有機體一部分，跟身上的微生物共存共榮方能永續經營，知己知彼也才能在變幻莫測的地球生態環境中百戰百勝，健康的生存下去。
(待續)
(下一篇針對肥胖跟腸道菌相關的里程碑回顧)
p.s最近流行的2019 Physician's First Watch最火的10篇研究，可以發現第1.到第10.點的機轉，全部都可以跟腸道菌扯上關係，我們的飲食、藥物、環境對健康的影響，永遠脫離不了腸道菌的交互作用。
補充: from 2019Physician's First Watch
1. 臨床指引對阿斯匹靈的初級心血管預防，採限縮建議
2. 代糖飲品與中風及心臟病有關連
3. FDA警告乳房植體造成淋巴癌的風險
4. 一瓶紅酒的致癌性等於3-5根香菸
5. FDA對痛風藥追加警語
6. 再度證實MMR疫苗與自閉症無關
7. 四分之一的抗生素開立是沒必要的
8. 髖關節術後，使用普拿疼加上ibuprofen，可有效減低嗎啡用量
9. 食用較多的高度加工食品，死亡率會上升
10.吃維它命看起來無法延年益壽
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